朱熹忧国忧民，在从政时要施展才华，却冲不破封建社会错综复杂的关系网，常被困扰其间，难以抽身。在淳熙九年（1182） 十二月里，就有承相于淮指使监察御史陈贾上疏言“近日道学假名济伪之弊，请诏痛革之”，而吏部尚书郑丙与之相表里，协力攻道学，把矛头指向朱熹。朱熹为躲避宰相中伤之祸，只能乞退闲。孝宗皇帝看出朱熹一片诚意，加以保护，准其请辞，授以主管台州崇道观。自从王淮党羽借助政治力量打击理学学术发展以来，新儒学的命运就岌岌可危。

朱熹以培养道德君子为已任，在武夷精舍从事授徒讲学，聚集了一大批朱子学派的中坚力量，当时南方各地学者慕名负笈而来山中求学者络绎不绝，迄今有姓名可考的弟子尚有数百人，使寂寞的武夷山一下热闹起来。朱熹讲学告以“圣贤教人为学，非是使人缀辑语言、造作文辞，但为科名爵禄之计，须是格物、致知、诚意、正心、修身，而推之以齐家、治国，可以平治天下，方是正当学问”，显然突出大学教育在于育人树人的精神。

武夷精舍时期的学术交流和教育实践，标志着朱理学思想体系的形成而朱熹以武夷精舍为宣扬儒家思想阵地，理学思想通过受学者向外广泛传播，赢得“当今道在武夷”的赞誉。受朱子流风影响，朱子门人与后学者又相继在九曲溪畔选址营建精舍、书堂以讲学，形成“道南理窟”，武夷山成为理学文化名山，山山水水都充满灵性，更是名扬天下。