藤牌兵是中国古代一种特殊的兵种，但在明代它没有独立成军，而仅仅作为战术需求存在于整体之中。据清人李绂考证，该战术源于宋代岳家军在郾城战役以麻扎刀斫金兵马足而演变过来。

明代藤牌兵主要来自福建漳州府的龙溪县。据历史记载，嘉靖年间东南沿海倭患横行，参将俞大猷奉命平倭，因江浙兵疲，到福建漳州府龙溪县的海仓、许林、嵩屿、长屿、赤石、玷尾、月港、澳头、沙坂等地招募三千藤牌兵，每十人为一甲，以甲为作战单位，每个军官可以带二百人，战时归统兵官指挥，其组织基本上还是按照明代卫所制度编制。后来俞大猷因故被贬山西大同，另一抗倭名将戚继光继承并发扬了他的藤牌兵战术思想，创立了独步天下的“鸳鸯阵法”，在抗倭斗争中取得了辉煌成就，这不仅铸造了新一代的民族英雄，而且也为福建藤牌兵抵御外来侵略开创新的篇章。

不过在明清时代，无论是俞大猷，还是戚继光，抑或是清初汉军八旗中配备的藤牌营，他们都只是作为局部的战术组合而存于主体之中，没有形成完整、独立的战斗主体，是另一位民族英雄郑成功组建藤牌兵从而完成从战术组合到战斗主体的历史性转变。

郑成功充分发挥闽人灵巧多变、刚勇善斗、重义轻生的身体特点与个性特点，组建起一支极具地方特色的藤牌军。这支独立的藤牌军参与抗清是在1651年5月。当时郑成功率兵攻打漳州海澄，清漳州总兵王邦俊率骑兵一千、步兵二千在磁灶阻击。战斗中藤牌兵奋勇争先，与其它兵种联合击溃清军，这是郑成功藤牌军首次打败清军的记录。随后在1652年三月的长泰战役、1656年九月的宁德战役等几次省内抗清战斗中，藤牌兵都扮演了重要的角色。

1659年五月，郑成功挥师北上，攻打清军驻守在长江南北交通要冲瓜州，在战斗中藤牌军将领韩英、杨祖等身先士卒，率先登上云梯攻入瓜州城内。占领瓜州后，郑军又直逼清军另一重镇银山，在这次战役中，藤牌兵更是英勇出众，胆略过人。清人计六奇在《明季南略》中作如下描述：当清军骑兵进攻时，藤牌兵“严阵当之，屹然不动，俱以团牌自蔽，望之如堵。清军三却三进，郑阵如山，而清之长技尽矣。遥见郑兵背后黑烟冉冉而起，欲却马再冲而郑兵疾走如飞，突至马前杀人矣。其兵三人一伍，一兵执团牌蔽两人，一兵砍马，一兵砍人，其锋甚锐，一刀挥铁甲军马为两段”。面对藤牌兵的灵活多变战术，清军束手无策，总兵管效忠哀叹道：“吾自满洲入中国，身经十七战，未有此一阵死战者。”银山一役，清军死伤累累、落荒而逃自不必说，关键是藤牌兵通过这一硬战打出了自己的威风，连久经战阵的敌军将领都自叹不如。

1661年初，郑成功决定东征，收复被荷兰殖民者窃据的台湾作为反清基地。荷兰人起初对郑军的进攻并未引起充分的重视，他们认为中国人“不分农民和士兵，只要是中国人，没有一个不是胆小而不耐久战的，都是文弱怯懦，不能打战的”。他们甚至狂妄地宣称：“二十五个中国人合在一起还抵不上一个荷兰兵”。可是，接仗后荷兰人发现，这支队伍的素质与他们原先对中国人的印象根本是两码事。

收复台湾最典型的战役是赤嵌城之役。战前郑成功发布动员令，他说：“荷兰别无他技，惟持炮火而已”。他在战略上藐视敌人，同时在战术上又做到“以己之长战敌之短”。他命令黄昭带铳手500名，前往鲲身尾列阵以待；杨祥带藤牌兵500名从鬼子埔背后绕过鲲身之左，准备横冲截杀；萧拱宸率20条船到右作佯攻状，这些有条不紊的布阵引起了荷兰殖民军的恐慌和混乱，杨祥乘荷兰人军心不稳之际带藤牌军立马赶到，横冲直撞，迫使荷兰人丢下阵地，退回城中等待援军。

赤嵌城之战是展现藤牌军威力的又一舞台。事实上，在整个收复台湾的战斗中，面对洋枪洋炮，藤牌兵付出了巨大的牺牲，但他们并没有因此退缩，相反，他们前赴后继，不惜自己的生命迫使侵略者放下手中的武器，投降认输。战后荷兰驻台湾长官揆一不得不承认藤牌军坚强的战斗力，他在《被忽视的福摩萨》一文中叹道：藤牌军“被用来代替骑兵，每十人中有队长一人，负责指挥并督促士兵冲锋。这些士兵低头弯腰，躲在盾牌后面，不顾死活地冲入敌阵，十分凶猛而大胆，仿佛每个人家里还另外存放着一个身体似的。尽管许多人被打死，他们还是不停地前进，从不犹豫，而只是象疯狗似的向前猛冲，甚至不回头看一看自己的战友有没有跟上来。”敌军首领把藤牌军骂为“疯狗”，恰是他们吃尽藤牌军苦头后的发泻，可见，郑成功的藤牌兵是收复台湾的“敢死队”。他们的战斗精神，代表了中国人民反抗外来侵略的民族精神。

清朝统一台湾后，郑氏政权官员和军队都被迁往内地，清政府对具有顽强作战精神的藤牌兵仍有戒心，把藤牌兵解散，分别安插到山西、山东、河南等地务农。直到1685年，沙俄侵略者犯我东北，在对付洋枪洋炮方面有丰富经验的藤牌兵才又被想起。康熙帝下令重新征调、组织郑氏旧部藤牌兵，得400人，由郑氏旧将林兴珠、何佑率领，开赴东北边境。在著名的雅克萨战役中，藤牌兵再显神威，400名将士在枪林弹雨中与侵略者周旋恶战，为收复雅克萨屡立奇功，而藤牌兵居然无一人死于战斗，创造了军事史上的奇迹。这是后话。